Bioinformatician for human genetics

Join our team of 30 bioinformaticians within the Department of Human Genetics and contribute to the development and implementation of cutting-edge genetic analysis technologies for patient diagnostics.

Within the Department of Human Genetics, we implement and apply the latest genome analysis technologies for patient diagnostics including, exome and genome sequencing, long-read sequencing for many different genetic tests. In collaboration with the Laboratory of Tumor Genetics we have developed tests for cancer genetics such as targeted gene panels, whole exome and shallow whole genome sequencing of FFPE material and liquid biopsies. We are looking for a bioinformatician to support the further development as well as new development of tumor genetic tests.

You work within a large group of around 30 bioinformaticians embedded in the Department of Human Genetics responsible for the analysis of genetic data for patient diagnostics. Within that group, you will work within the team that is responsible for tumor genetic applications. Your work will consist of improving and implementing new features into existing analysis pipelines and developing analysis workflows for new technologies

Promovendus 'Kwaliteit van werk, kwaliteit van leven bij de ziekte van Parkinson'

Word jij de drijvende kracht achter een innovatief project dat gericht is op het waarborgen van de kwaliteit van leven door mensen in staat te stellen te blijven werken? Als promovendus speel je een essentiële rol in het ontwerpen en testen van een baanbrekend protocol voor procesbegeleiding voor werkenden uit kwetsbare groepen. We richten ons specifiek op mensen met progressieve neurodegeneratieve bewegingsstoornissen, zoals de ziekte van Parkinson, andere vormen van parkinsonisme, ataxie en hereditaire spastische parese.

Dit project gaat verder dan alleen het bieden van financiële zekerheid. Het streven is om een gevoel van zingeving, sociale contacten en persoonlijke ontwikkeling te behouden voor de betrokkenen. We maken gebruik van de Participatieve Aanpak (PA), waarbij een deskundige procesbegeleider de werkenden en hun leidinggevenden begeleidt om obstakels op het werk te identificeren en samen oplossingen te vinden om verantwoord aan het werk te kunnen blijven.

Het project bestaat uit twee delen. In deel 1 ga je samen met diverse stakeholders de bestaande PA-methode optimaliseren voor de genoemde doelgroep. Hier voegen we vernieuwende elementen toe, zoals preventieve maatregelen en koppelingen met de zorg. Dit wordt gedaan door het combineren van data uit literatuuronderzoek en interviews met betrokkenen. In deel 2 voeren we een grootschalige studie uit, een Randomized Controlled Trial, om de effectiviteit en ervaringen van de procesbegeleiding bij de genoemde doelgroep te onderzoeken binnen de infrastructuur van ParkinsonNet.

Als promovendus ga je een gevarieerd takenpakket hebben, waaronder literatuuronderzoek en ontwerpgericht onderzoek in fase 1, effectonderzoek in fase 2 en het inventariseren en evalueren van implementatievoorwaarden. Je werkt nauw samen met een multidisciplinair projectteam, inclusief ervaringsdeskundigen, een gebruikerscommissie en mensen uit het werkveld.

Daarnaast ben je verantwoordelijk voor:

• Het aanvragen van goedkeuring bij de medisch ethische commissie (CMO).
• Het opzetten en beheren van een datamanagementsysteem.
• Het plannen en organiseren van lokale projectgroepbijeenkomsten, interviews en focusgroepen.
• Het vormgeven van het protocol en de materialen voor eindgebruikers.
• Het verzamelen en analyseren van zowel kwalitatieve als kwantitatieve gegevens.
• Het presenteren van bevindingen in zowel Engelstalige als Nederlandstalige wetenschappelijke publicaties, nieuwsbrieven en op (inter)nationale congressen.
• Het verspreiden van kennis over dit project en de resultaten naar zowel mensen met neurodegeneratieve bewegingsstoornissen als zorgprofessionals.

Gedurende het project krijg je ondersteuning, supervisie en training, zodat je je kennis, expertise en vaardigheden kan ontwikkelen en een wetenschappelijke carrière kan opbouwen. Je sluit het project af met een wetenschappelijk proefschrift dat jouw bijdrage aan dit belangrijke onderzoek weerspiegelt.

Grijp deze unieke kans en draag bij aan de toekomst van mensen met neurodegeneratieve bewegingsstoornissen. Solliciteer nu!

Projectcontroller

Wordt jij enthousiast als het gaat om project control en gaan je interesses ook uit naar onderdelen van het business control? Ben je pro-actief en leg je gemakkelijk verbinding? Werk je graag in een innovatieve werkomgeving waar een gezonde werk-privé-balans centraal staat? Kom dan als projectcontroller het team van Wageningen Livestock Research (WLR) versterken.

In deze rol ondersteun je complexe projecten, vanaf de acquisitiefase tot en met de financiële afronding. Als projectcontroller ben jij de financiële expert die een belangrijke bijdrage levert aan het opstellen en beoordelen van begrotingen. Je bent de scherpe blik die de voortgang en prognose van projecten toetst aan de hand van de projectbegroting en subsidievoorwaarden, waarbij je risico's in kaart brengt en deze nauwlettend bewaakt.

Naast je financiële expertise, ben jij ook de betrouwbare sparringpartner voor projectleiders en afdelingshoofden. Je zorgt voor juiste en complete projectdossiers. Kortom, jij zorgt ervoor dat alle projecten op rolletjes lopen.

Ook lever je de maandelijkse interne financiële rapportage aan over de bedrijfsvoering en projecten van een afdeling. En ondersteun je activiteiten m.b.t. businesscontrol. Daarnaast ben jij in control als het gaat om het financiële beheer van ons Agro-innovatiecentrum De Marke.
Je werkt zelfstandig en ook nauw samen met onze collega's van F&C. Dankzij jou vakinhoudelijke kennis lever je een waardevolle bijdrage aan de verdere professionalisering van onze Finance & Control afdeling.

Mede dankzij jou wordt de financiering voor vele grote onderzoeksprojecten mogelijk gemaakt die een grote bijdrage leveren aan belangrijke maatschappelijke thema's als duurzame veehouderij, biodiversiteit en klimaatverandering. Wageningen Livestock Research (WLR) te Wageningen is onderdeel van ASG - het biedt innovatief onderzoek en praktische oplossingen voor een duurzame en renderende veehouderij. WLR heeft een jaaromzet van ruim € 45 mln.

Postdoctoral researcher Methodology & Behavioral Interventions

Are you a behavioural researcher with interest and skills in improving research methodology, then this could be an interesting and challenging position for you. We are looking for a postdoc who will support us in the following research: Research Methodology Project using Meta-analyses of Behavioural Intervention Trials. Are you up for the challenge?

As part of an ongoing methodological research project on meta-analysis of health behaviour change interventions (for some of the outputs on the IC-SMOKE project, see below), we are looking for a skilled quantitative researcher with experience in conducting meta(regression) or multi-level analyses in R; and experience with authoring high-quality manuscripts. As part of this research project, we have already compiled a large database of over 170 smoking cessation trials. For two substantive meta-analysis papers based on these data (for which much of the R-script is already available), we are seeking a post-doctoral researcher to lead those papers. Statistical support or supervision is available if required. Additionally, we expect you to contribute to writing follow-up grants to continue and expand this research line.

The two meta-analyses scheduled are (more options are available, time permitting):

1. Comparing the effects of risk of bias ratings on effect sizes in trials with subjective versus objective behavioural outcome measurements.
2. Assessing the impact of poor reporting of smoking cessation interventions and control groups on conclusions of meta-regression analyses regarding effective ingredients.

Tasks and responsibilities

• Prepare dataset for analysis.
• Draft the analysis plans and pre-publish on the project website.
• Conduct the meta-regression analyses or collaborate on this with the statistician.
• Draft and submit the 2 scientific manuscripts.
• Engage the expert team of collaborators in key stages of the process.
• Support in writing and submitting research proposals, or take the lead on this.

To familiarise yourself with the project:
https://systematicreviewsjournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13643-016-0253-1
https://psycnet.apa.org/record/2020-03318-001
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/add.15056
https://academic.oup.com/abm/article-abstract/53/6/583/5099127
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/add.14969
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/add.15614
https://osf.io/23hfv/

PhD candidate on the project Virtual biopsy of brain tumours – imaging pathomics

With this project we aim to reduce the need for surgical biopsies in patients with a brain tumour by developing artificial intelligence (AI) technology which integrates magnetic resonance imaging (MRI) and histopathology to eventually obtain all clinically relevant diagnostic information non-invasively from MRI only: a virtual biopsy.

As a PhD student, you will develop advanced image analysis and machine learning techniques that will automatically diagnose brain tumour genotypes from tissue samples, and to link tissue sample characteristics with MRI-based features. This is a challenging and multidisciplinary project, bridging technical, biological and clinical disciplines.

This is one of several positions in the Brain Tumour Virtual Biopsy Project. Both conventional and advanced MRI and histopathological staining techniques will be used. A large database of MRI scans, tissue samples and clinical information will be collated for this project, both retrospectively and prospectively. There will be a strong collaboration with the other PhD students and postdoc on this project, whose focus will be on the automated extraction of relevant quantitative features from radiological ('radiomics') and pathological ('pathomics') images, and on bringing virtual biopsy into clinical practice through an 'in silico' trial.
The project is performed at Erasmus MC - University Medical Centre Rotterdam and Radboud University Medical Centre (Radboudumc) in Nijmegen, in collaboration with AmsterdamUMC, Delft University of Technology, Leiden University Medical Centre, Memorial Sloan Kettering Cancer Center (New York, USA), and with advisors from University College London (UK).